La sceneggiatura del film originale (post adattamento) fa luce su questo:

Credevo che tutto quello che dovevo fare fosse puntare il dito e ungere chiunque avessi scelto. Mi sbagliavo, Neo. Terribilmente sbagliato. Non passa giorno o notte che non pensi a loro. Dopo il quinto, ho perso la strada. Dubitavo di tutto quello che aveva detto l'Oracolo. Dubitavo di me stesso.

E poi ti ho visto, in Rete, cercarmi e tutto è cambiato. Ho sentito questa carica, questa elettricità attraverso tutto il mio corpo. Ho iniziato a ridere e mi sono sgorgate le lacrime dagli occhi, perché sapevo, sapevo che eri l'Uno.

Come alludi nella formulazione della tua domanda, Morpheus non so chi sia, ma crede che sia Neo; e per Morpheus, la fede è tutto. Può spostare le montagne.

È interessante notare che Neo non è il primo "Uno" che Morpheus ha scoperto e ci sono stati almeno altri 5 candidati della sua selezione:

CYPHER Ti svelerò un piccolo segreto qui. Ora non dirgli che te l'ho detto, ma questa non è la prima volta che Morpheus pensa di aver trovato l'Uno.

NEO Davvero?

CYPHER Puoi scommetterci. Lo fa andare avanti. Forse fa andare avanti tutti noi.

NEO Quanti erano?

CYPHER Cinque. Da quando sono qui.

NEO Cosa gli è successo?

CYPHER Morto. Tutti morti.

NEO Come?

CYPHER Onestamente. Morfeo. Li ha amplificati tutti credendo nelle stronzate. Ho visto ognuno di loro assumere un agente e li ho visti morire. Piccolo consiglio: vedi un agente, fai quello che facciamo noi; correre. Fottiti il ​​culo.

Sembra che il metodo scelto da Morpheus per avviare potenziali candidati sia quello di rimuovere la possibilità di dubbio che potrebbero non essere gli unici, e di soppiantarlo con fede assoluta. Forse, come è stato dimostrato che è vero, The One non può manifestare il loro vero potenziale a meno che non si sottoponga a "una rivelazione", e questo è possibile solo senza dubbio.

Questa fede cieca potrebbe forse essere un sotterfugio di Morfeo per incoraggiare The One, che in qualche modo spiegherebbe perché appare scioccato, persino sbalordito, quando emerge che Neo è effettivamente The One.