A causa dell'immenso calore e dell'enorme quantità di metallo fuso, si è confuso e non è riuscito a trovare le parti giuste da unire.

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T-1000 è stato progettato in modo tale che se una qualsiasi delle sue parti è separata, è stato implementato a livello molecolare un comando per trovare main e riunirlo insieme .

Da questa pagina,

Il concetto di dolore non era mai stato preso in considerazione nella sfera sensoriale della macchina liquida. Il dolore era un indicatore di danno a una parte dell'organismo, ma questo organismo non aveva parti, tranne che a livello puramente molecolare e le sue molecole erano ciascuna versione primitiva e miniaturizzata della macchina totale. Se qualsiasi sezione fosse separata, le parti separate tornerebbero in poli-lega di metallo liquido. L'unico comando predefinito implementato a livello molecolare di questo progetto era di trovare di nuovo la massa principale e ricongiungerla il prima possibile. Ogni molecola aveva un raggio di quattordici chilometri ..

Come menzionato sopra, non era una macchina, ma diverse nano macchine che lavoravano insieme. Quando cade nell'acciaio fuso, il calore fonde le sue nanoparticelle provocando interruzioni nel suo sistema.

Dalla stessa pagina,

Tieni presente che questa non è una macchina, le sue migliaia di nano macchine che lavorano insieme. Il calore stava sciogliendo la struttura causando interruzioni nel sistema, facendo muovere T-1000 in ogni modo possibile. Il T-1000 non sapeva cosa fare, ecco perché continuava a tirare fuori tutti i dati che aveva, mostrando tutti i caratteri copiati. Secondo James Cameron nel commento audio DVD T2 Extreme, stava cercando una soluzione.

Nel romanzo, si affermava che tutte le sue molecole stavano cercando i canali giusti per tornare nella sua struttura appropriata, ma il calore estremo e la grande quantità di metallo fuso attorno ad esso le confondevano. Ecco perché non è riuscito a recuperare la sua forma ed è morto.

Dallo stesso link,

Novelization: Stava urlando. Una sirena di urlo terrificante e disumana, poiché tutte le sue molecole stavano cercando i canali giusti per tornare alla sua struttura appropriata, ma il calore intenso e la volubilità del metallo fuso intorno ad essa le confondevano.

Aggiungendo alla risposta di TL; DR, c'è un pezzo nel film che potrebbe far capire che qualcosa non va con il T-1000.

Dopo che si è riassemblato dalla fuoriuscita di azoto liquido, inizia a camminare verso John , Sarah e Terminator. Mentre lo fa, deve aggirare una struttura metallica alta fino alla vita. Ha provato a passarci attraverso, ma quando la sua mano entra in contatto con la struttura metallica, si blocca. Per me, questo mi dice che la fuoriuscita di azoto gli ha causato dei danni permanenti.

Non sono sicuro che quella parte sia nella versione originale o solo una versione integrale. Spero che questo ti abbia aiutato ancora di più.