Le macchine, in particolare il programma Architect , conoscevano già l'ubicazione di Sion durante gli eventi dei film.
L'unico motivo per cui a Zion era permesso esistere perché serviva a scopo per Matrix. A Zion fu permesso di esistere dalle Macchine come una gigantesca valvola di rilascio della pressione sull'intero sistema, consentendo agli umani che si resero conto che Matrix non era reale (statisticamente, solo una frazione dell'1% dell'intera popolazione umana) di essere convenientemente rimossi e isolato. Va sottolineato che la vera minaccia per Matrix non è Sion, ma l'anomalia sistemica creata dall'1% della popolazione che rifiuta inconsciamente Matrix.
Una volta che l'Uno è trovato, addestrato e inviato sul Sentiero dell'Uno alla camera dell'Architetto, Zion è programmato per la distruzione (per un nuovo inizio). Quando l'Uno raggiunge la Sorgente per diffondere l'anomalia integrale, reinserisce il Programma Primo, che è il modo in cui l'Architetto si riferisce al Sentiero dell'Uno. Il Sentiero dell'Uno è un sottoprogramma all'interno della più ampia programmazione della Matrice che termina con l'arrivo dell'Uno alla Sorgente. Dopo aver disseminato l'anomalia integrale alla Sorgente, l'Uno reinserisce il Sentiero dell'Uno nella programmazione di Matrix scegliendo 23 individui per ricostruire Sion.
Secondo l ' Architetto , Sion è stata completamente distrutta 5 volte prima quando Neo lo ha raggiunto. Sfortunatamente per le macchine, Neo ha interrotto il ciclo e Zion non è stato distrutto per la sesta volta.