Hmm ... la mia risposta è che, proprio come la risposta di Johnny Bones, c'è una tabella degli agenti. Gli agenti possono fare riferimento a se stessi, quindi potresti avere qualcosa del tipo:
ID agente si riferisce a1 Smith Prime NULL2 Brown NULL
E così via, finché non arrivare ai cloni di Smith:
Agente ID si riferisce a1 Smith Prime NULL2 Marrone NULL3 Smith Clone 14 Smith Clone 1
E così via. Ora, possiamo presumere che, cancellando "Smith Prime", gli altri Smith diventeranno i cosiddetti "record orfani". In un sistema di database mal progettato, questi sarebbero ancora consentiti, semplicemente non funzionerebbero correttamente. Dobbiamo credere che Matrix sia effettivamente ben progettato e l'eliminazione di "Smith Prime" avrebbe un effetto a cascata, o forse un trigger, che eliminerebbe anche i cloni.
Tuttavia, questo non risponde COME siamo in grado di eliminare "Smith Prime". Con lo pseudocodice sql, come ha sottolineato Johnny Bones, la Macchina God Giant Floating Baby Head Thing avrebbe potuto semplicemente trovare e cancellare il suo record. Dobbiamo credere che Smith Prime stia fermando tutto questo in qualche modo.
Quando le persone sono collegate fisicamente a Matrix attraverso i sistemi di Matrix, i loro corpi possono essere rilevati da Matrix, o più Agenti. L'abbiamo visto alcune volte nei film: una persona a caso diventa Agente. Questo non sembra essere in grado di accadere agli agenti di Sion poiché sono cablati in un modo diverso. Ma quando Neo si collega tramite Machine God Giant Floating Baby Head Thing, è collegato direttamente attraverso i sistemi di Matrix. Ancora meglio (o peggio, a seconda del tuo punto di vista), ha la piena attenzione di Matrix, sia all'interno di Matrix che nel mondo fisico.
Quando Smith Prime si copia su Neo, si copia anche su una mente direttamente connessa a Matrix, una mente su cui ha influenza il Dio Macchina Giant Floating Baby Head Thing. Smith Prime è vulnerabile in una mente umana più fragile, almeno temporaneamente. Il corpo di Neo, con Smith Prime all'interno, può essere scollegato e ucciso in breve tempo.
In breve, Neo era un'esca e Smith era arrogante. Se fosse stato un clone, probabilmente non avrebbe funzionato.